У дворишту је и  савремено опремљена кухиња са трпезаријом, капацитета 100 места. Особље кухиње свакодневно припрема три оброка (по два јела) у складу са нутриционистичким нормативима а  јеловник се мења сваке седмице, уз поштовање ученичких сугестија.

У Дому се посебна пажња поклања квалитетној и сигурној исхрани ученика. Пратећи савремене стандарде и прописе који се односе на безбедност у производњи и дистрибуцији хране, руководство Дома ученика средњих школа Зајечар, одлучило се на увођење НАССР система. Направљен је план и програм успостављања НАССР система и израђена потребна документација. Извршена је обука свих запослених за примену стандарда ISO 9001 и радника/ца кухиње за примену НАССР система, а шесторо запослених похађали су курс за интерне провераваче. Од марта 2010. године у Дому се примењује НАССР систем и кренуло се са увођењем ISO 9001 стандарда, а у мају 2011. године извршена је сертификација интегрисаног система менаџмента квалитетом. Корист од увођења овог система је вишеструка: смањује се ризик од преношења болести храном, повећава свест о основној хигијени, унапређује квалитет живота и побољшава управљање обавезама безбедности хране. Надзорне провере IMS система врше се сваке године а 2014. године извршена је ресертификација. У току су припреме за другу ресертификацију по новој верзији стандарда ISO 9001/2015.

Кухиња и пекара опремљене су савременим машинама и апаратима који се редовно одржавају. Трпезарија је одвојена ролетнама од линије за послуживање, при чему је добијен простор који се користи за рад секција, журке, трибине а да се не угрожава безбедност исхране ученика.